AVCHDの複数カメラによる撮影データの編集中の誤リンクについて

おっしゃる通り、AVCHDの素材をそのまま扱うと別ロール（記録メディア）とファイル名の重複が起きるので、編集用の素材としては大変危険な種類の素材と言っても過言ではないと思います。

AVCHDの仕組み上、スパンドクリップの場合は単純なリネームもNGなので、私の場合はSony Catalyst Browseでスパンドクリップの結合とリネーム（撮影年月日時刻）をしたうえで扱っています。

（別の問題への対応ため、AC3音声の素材は上記手順ののち他社製アプリで映像をパススルーして音声のみLPCMにトランスコードしています。）

もしSONY製のカメラをお使いでしたら、Sony Catalyst Browseで取り込んだうえでPremiere Proに読み込んでいただくことで、ファイル名の重複については回避できるかと思います。

業務機での収録で、タイムコードの運用が必須の場合には、Catalyst BrowseでMXFに変換してしまった方が何かと安心だと思います（スパンドクリップの結合とMXFへのトランスコードを同時に行うことができないので、2段階で行うことになります。この場合、AC3音声のレベルシフトの問題も出ないと思います）。

SONY以外の機種の場合でCatalyst Browseでの読み込みができない場合には、例えばAdobe Media Encoderでスパンドクリップの結合とMOVやMXFにトランスコードしてからリネームといった方法で回避できるかと思います。

（AC3音声のレベルシフトが発生するかもしれません。）

ちなみに、先ほどからチラリと書いた音声レベルシフトについては、AC3（ドルビーデジタル）音声にコンプがかかりレベルが上がる現象のことで、音声スタッフがロケに同行しているような業務での使用や音楽ものの収録ではなかったり、Premiere Pro上でAVCHD素材の音声に問題を感じないようでしたら、あまり気にしなくて良いかと思います。