.AVI形式から.MP4(H.264)への変換不具合について(バグ？)

お書きいただいた症状からは、おっしゃる通りバグの可能性も含めて何らかの不具合が生じているものと思います。

「AVI」というのは、MOVやMP4と同様にコンテナ（器）なので、問題の原因を探るためには中に入っている映像と音声の「コーデック」もカギになってくるかと思います。Premiere Proが直接対応しているコーデックなのか、あるいはサードパーティのコーデックなのかといったことも影響してくるのですが、それらを特定してもユーザー側で対応できることは限られてくるかもしれません。

また、レンダラーのほか「デコーダー」や「エンコーダー」の影響も考えられますので、AVIファイルのコーデックによっては意味をなさない可能性はありますものの、「環境設定」の「メディア」にあるハードウェアデコードに関する設定をOFFにして再起動し、書き出時に書き出し設定の「パフォーマンス」で「ソフトウェアエンコーディング」を選んでみることも、試す価値があると思います。

これまでの経験上、特定の素材のみでPremiere ProやMedia Encoderでトラブルが生じる場合は、その素材を動画・音声ファイルの変換に特化した別の変換ソフトを使った方が、早く解決できることが多いと思います。

（ただし、HDRやLogなど10bit以上で収録されているものや、画質が重要な作品では、変換に注意を要します。）

変換ソフトには、たとえば、HandBrakeやShutter Encoderといったフリーソフトがございます。