h.264動画の書き出しについて

エンコードの問題では無い場合には、少し消極的な方法にはなるのですがM1ネイティブ版ではなくIntel版でPremiere Proを起動してお試しいただくといかがでしょうか。

私はM1 Macを持っておりませんのでスクリーンショットを用意することができませんが、Creative Cloud DesktopのPremiere Proを開くボタン横の三のようなボタンをクリックして、Intel版を立ち上げることができるようです。

Intel版で起動してもダメな場合には、プロジェクト設定でレンダラーをソフトウェア処理にしてお試しいただいたり、（M1ネイティブ版にもあるかもしれませんが）環境設定のメディアにある「ハードウェアによる高速デコード」といった項目のチェックを外して改善されないかお試しいただくといった方法が考えられます。

ちなみに、今回はうまくゆかなかったようですが、ソフトウェアエンコードで解決した例が過去にありました。

Premiere proで編集し書き出した動画に、一部映像の乱れが生じる (https://community.adobe.com/) 

なかなか解決しない場合には、問題の切り分けのためMP4以外のコーデック（ProResなど）で書き出してうまくゆくかご確認いただいたり、全くどうにもならない場合には乱れる箇所で使用している素材の仕様をご確認いただいて、その素材をMediaEncoderなどで別の形式に変換したもので差し替えて症状が出るか否かをご確認いただくといった方法もあります。

また、プロジェクトファイルを上書きしないようにご注意いただきつつ、Premiere pro 2022にて開いていただくといったことも、試す価値はあると思います。