M1 MacBook Air にて動画を書き出すと、ところどころ書き出し動画が乱れてしまいます。

ネット検索すると、以前のバージョンでモーショングレフィックテンプレートを使用しているプロジェクトでノイズが発生する問題があったようです。
M1 MacBook Airには、冷却ファンが搭載されていないのでAfter Effectsを使用するテンプレートが含まれていると負荷が大きく発熱によってトラブルになっていたようです。

参考：
M1 MacBook Air and Adobe Premiere Pro (RENDER/ EXPORT ERRORS FINALLY FIXED) Motion Graphics Template - YouTube 

再生ソフトに依らず乱れがある場合、ハードウェアエンコーディング使用時のみの問題でソフトウェアエンコーディングでは問題が起きない状況かと思いますので、ユーザー側でできる対処は「ソフトウェアエンコーディングにする」くらいしか無いと思います。

もしかすると書き出し時のフレームサイズやその他の設定によって症状が出たりでなかったりということもあるかもしれませんが、基本的には「ハードウェアエンコード機能の不具合」と言ってよいものだと思います。

（ちなみに、過去にはWindows版でもハードウェアデコード・エンコードで不具合が出るケースはありまして、私はWindows版のユーザーですが常にソフトウェアデコード・エンコードを使用しています。）

Premiere Proの「ヘルプ」メニューから「フィードバックを提供」を選択しますと、バグや要望の報告ができます。英語のページではありますが、日本語でも投稿が可能とのことです。