mp3ファイルの読み込み不良について

おっしゃる通り、MP3ファイルは問題が発生するケースがしばしばございます。

（コーデックの相性問題の他、既にご経験なさっている通りキャッシュの問題など。）

そのため、MP3のまま使わなくてはならない特別な事情がございませんでしたら、WAVファイル（一般的なリニアPCMのもの）に変換してからPremiere Proに読み込んでいただいた方が無難ではないかなと思います。

その際、シーケンス設定のサンプルレートと同じサンプルレートのWAVファイルにしていただくと、より安全だと思います。

MP3からWAVへの変換は、Adobe MEdia Encoderでまとめて行っていただいたり、Adobe Auditionやそのほか使い慣れたソフトがあればそちらを用いていただいても大丈夫です。

ちなみに、最初は正常に再生されていたMP3にて後から不具合が生じることが頻繁に発生する場合には、キャッシュの保存先に何か問題が生じている可能性もあるかもしれません。

あくまでも一例ですが、クラウドなどとのファイル同期で不整合が起きていないかなども、念のためご確認いただいた方が良いかもしれません。

（私個人的には、キャッシュの保存場所はクラウドなどと同期しない方が良いと思っています。）