mxf OP1aに設定しているのに、AVC-Intraがいるのはなぜ？

まず、OP-1aというのはMXFのオペレーションパターンのうちのひとつ（映像・音声などがインターリーブされて一つのファイルになるもの）ですので、SONY限定のフォーマットというわけではありません。

PanasonicのP2カードに収録されるAVC-Intra100はOP-ATOM（映像・音声などが別々のMXFに記録）ではありますが、AVC-IntraはOP1aでも使用されているようです（海外の放送局など）。