状況のご返信、ありがとうございました。「Sony機器への直接の書き出しを有効化」の方だったのですね。
あいにく、私はXDCAM Stationを使える環境になく、動作検証をすることはできないのですが、「Sony機器への直接の書き出しを有効化」しますと、書き出されたMXFファイルに「デュレーション」が記録されないことは確認しております。
QCツールやTVCMオンライン搬入システムのチェック機能でデュレーション関連のエラーが出ることがあるほか、MediaInfoなど動画ファイルの詳細情報を見ることができるソフトでも確認できます。
なぜそのような仕様になっているのかまではわかりませんが、「Sony機器への直接の書き出しを有効化」はSONY製光学ドライブ(PDW-Uシリーズ)に挿入したPDへの直接書き出し時にのみ使用する機能(添付画像もご参照ください)なので、光学ドライブではないSxS含を含め、PD直接書き出し以外の状況ではチェックを入れずお使いいただくということになるかと思います。

まとめますと、
>◆質問
1、「Sonyデバイスの互換性」のチェックはXDCAM Professional Discへ書き出す時のみ使用する機能なのでしょうか?(SxSメモリーカードへの書き出しには対応していないのでしょうか?)
→その通りかと思います。
>2、「Sonyデバイスの互換性」のチェックの有無で生成されるファイルにどのような差異が発生するのでしょうか?
→チェックを入れるとMXFにデュレーション情報が書き込まれません(SONY XDCAM Stationで再生できない理由であるか否かはわかりません)。SONYのドライバ経由でPDに直接書き出しする場合は、正常にデュレーションが書き込まれた状態のMXFができあがります。
ということになるかと思います。
【追記】
デュレーションが書き込まれないことと関連しているのですが、チェックを入れてPD以外に書き出すとMXFのFormat settingsが「Open / Incomplete」になります。チェックを入れてPDに書き出した場合とチェックを外してた場合には「Closed / Complete」になります。