mxfで書き出したファイルがmp4になる

いろいろなトラブルがあるとのことですので、大変な状況だと思うのですが一旦落ち着いていただき、「一つ一つの症状」を確認していただくといかがでしょうか。

まず、MXFで書き出ししてMP4で書き出されてしまう状況での、書き出し設定のスクショを貼っていただくと、より状況が伝わりやすくなると思います。

そして、拡張子だけがmp4になっているのか、本当にMP4として書き出しされているのかということも重要なポイントになると思います。

ありがちなミスとしては、「形式」でMXF OP1aを選んだ後、プリセットの選択でマウスが滑るなどしてMP4のプリセットを選んでしまって、形式が変更されてしまった、といったことも、UI刷新後にしばしば見受けられます。

私は年始から22.6.3にて作業をしておりますが、今のところ既知の不具合（Sony PDへの直接書き出し不可、WAVなど書き出し時特定の条件でタイムラインのTCがずれる）以外は順調に動作しております。

基本３Dや音が小さくなる件は、また別の原因があるかもしれませんので、どういった状況になっているかによって、対応策は大きく変わってくるのではないかと思います。