>aepファイルって外部参照されているからpremire proファイル単体ではなくて使ったaepファイルも一緒に納品しないとaepファイルの部分は開かれないのでしょうか？

そうですね。考え方は写真や動画素材と同じです。元の素材がないとダメってことです。

>基本的に納品は以下のものをセットで送ればよいのでしょうか？

• Premiere Pro プロジェクト (.prproj)
• After Effects プロジェクト (.aep)
• 素材ファイル（映像・画像・音声など）
• 書き出した動画（mp4)

基本的には大丈夫ですが、とにかく編集の中で使用した素材は渡しておかないとリンクが切れてしまいます。

あと忘れがちなのがフォントですね。フォントの受け渡しはできないので双方で使用できるフォントを使用しておかないといけません。※AdobeFontなら問題ないです。

丸々プロジェクトに関わったものを共有するのであれば

Premiere Pro プロジェクトで使用したファイルをまとめる方法

というのがあります。Premiereから操作できますのでお試しください。

詳細はリンク先をご覧ください。

https://shiroi-ponzu.com/video/4/ 

https://sunny-report.com/gathering-files/