Premiere Pro CC　タイムラインが黄色になる

これはおそらく、Premiere Proの軽微なバグだと思います。以下の手順で症状が再現しました。
（macOS Sierra, Premier Pro CC 2017年10月リリース）

1. 適当なシーケンス「A」を作成。
2. 重たい素材（4K MotionJPEG MOVやAVCHD60pなど）を「A」にドラッグ＆ドロップし、「クリップの不一致に関する警告」にて「シーケンス設定を変更」を選択。この時点では、レンダリングバーは「黄色」。
3. 適当なシーケンス「B」を作成（もしくは、既存の別のシーケンスを開く）。
4. シーケンス「A」のタブを選択すると、レンダリングバーが無色になる。
5. 一旦プロジェクトを閉じて再度開くと、シーケンス「A」のレンダリングバーが黄色になる。

この場合、レンダリングバーが「黄色」の状態が正常ですので、上記手順4で「無色」になるのはバグと思われます。

>「素材にあうようにシークエンス設定を変更しますか？」みたいな表示が出て、

—中略--

>最適化されるので、そのままで問題ないと思っていました。

この操作によって、解像度とフレームレートと優先フィールドが素材と一致するのでほぼ問題ないのですが、ビデオプレビューのコーデックは変更されないようです。

素材クリップを選択し、「クリップから取得したシーケンス」を作成（もしくは素材をプロジェクトウィンドウ下の「新規項目」にドラッグ＆ドロップ）すると、ビデオプレビューのコーデックも適切に設定される場合があります（XDCAM 50MのMXFなど）。

MOV形式のProResやCineFormの素材ですと、この方法でもビデオプレビューコーデックは自動では設定されないようです。その場合も、手入力で適切に設定することで、レンダリングバーが「無色」の状態になります。下の画像は、ProRes 422のMOV素材に合わせた設定でレンダリングバーが「無色」になっているところです。

最初の返信に貼りましたリンク先に記述されている通り、レンダリングバーが「無色」になるのはいくつかの特定のコーデックのみです（少ししか検証していませんが、ビデオプレビューコーデックで選択できるコーデックが該当するのだと思います）。AVCHDやH.264のmp4などの素材を扱う場合は、上記のバグっぽい動作を除き「無色」にはならないのが正常な状態だと思います。

余談ですが、Premiere ProはFCP7と比べますと柔軟な設定ができていろいろなワークフローに対応しますので、素材とタイムラインと最終出力のコーデックを統一する必要性があったりなかったりします。

FCP7と同様に、素材とプレビューファイル、最終書き出し形式をProResやCineFormやXDCAMに統一し、最終書き出し時にレンダリングファイルを使用する（書き出しが速い）こともできますし、素材形式はバラバラだけれどもプレビュー形式と最終出力形式を統一してレンダリングファイルを使用して最終出力するですとか、素材はバラバラでプレビューファイル形式はIフレームのみのMPEG、そして最終出力はレンダリングファイルを使用せずに希望のコーデックでレンダリングし直すような使い方もできます（レンダリング品質によって半透明の処理が変わるので、いろいろ注意は必要ですが……）。