Premiere ProからMedia Encoderへ書き出し作業を行った場合に特定のオーディオクリップの音量が大きくなる

Premiere Proで編集中の音声レベルとMedia Encoderで書き出した動画の音声レベルが上がってしまうことがあり、原因がわからず困っています。

現状、Premiere Proで書き出しを行うことや、該当箇所のみ書き出しを行った後にその部分のみを書き出すことで対応はできていますが、今後の作業で支障をきたす可能性があるので、原因がわかれば教えていただきたく思います。

以下、編集時の環境や症状、試した内容などです。

編集中のデータは、ビデオトラック１にカメラの映像、オーディオトラック１にカメラの音声、オーディオトラック２にナレーション音声、オーディオトラック３にBGMのように並べていて、それぞれオーディオクリップミキサーやエフェクトで音量を調整し、オーディオパネルを見るとこちらが求めている-12dBほどの音量になっているのですが、書き出しの際にBGMのみ音量が上がっているようで、書き出し後のデータを再生するとBGMが大きく映像の音やナレーションが聞こえないほどになっており、書き出し後のデータをPremiere Proに持ってきた際も明らかに音の波形が大きくなっており、オーディオパネルを見てもレベルオーバーしていました。

Premiere Proのシーケンスでは、チャンネルはステレオ、サンプルレートは48000Hzになっており、大きくなってしまう音声データはMP3形式で44100Hzのステレオでした。

サンプルレートが異なっていることや、MP3であることが問題かと思い、Adobe AuditionでサンプルレートをPremiere Proの設定と同じ48000Hzにする、拡張子をWAVにする、などしてみたのですが変化はありませんでした。

Media Encoderの設定で「シーケンスをネイティブ形式で読み込む」のチェックをOnとOff両方を試しましたがこれも変化はなく、メディアキャッシュを行っても改善せず、他のPCで行った際も同じ現象がおこるときがあり、しかも必ず起こるわけでもなく、問題なく-12dBで書き出しが完了することもありました。