Premiere Proのメディアに映像素材を読み込むと尺時間が短くなってしまいます

先に記載されている内容の重複にはなるんですが、こういったのは一度別ソフトで変換してあげることで多くの場合で改善します。
(Ckunさんが記載されているHandBreakが使いやすくPremirer Proで問題が起こりにくい)

もう少し原因となりえることを細かく書くと、

撮影でメジャーで使用されているCanon、Sony、Panasonicなどのフラッグシップ系では問題が発生しにくいです。

こういったものは機器メーカーとソフトメーカーが相性問題を双方で解消したりを裏でしていたりします。
(一部バグが残っているのもありますが、、ｗ)

ですが、キャプチャーソフトや、メジャーではないモノだとそうではいかないことがあります。

特にキャプチャーソフトは可変フレームレートといったファイルを軽量化するための技術や特殊なコーデックとの組み合わせであったりとPremirer Proと相性が良くないと呼ばれるフォーマットで映像を作成する事があるためです。

これはPremire Proに限らずPremirer Proで問題がなくてもDaVinci Resolveではダメ、Final Cutではダメ、Avidではダメ、その逆もしかりなんてこともあります。

なので私達ユーザーが行える対応方法としては、

・問題が発生した素材は変換して使ってみる

という方法を回避策として持ち合わせておくことかと思っております。