V1のビデオクリップにクリップを削除したはずのV2のビデオクリップがノイズのように一瞬入ってしまう

添付していただいたtest.mp4は問題ないように見えます。

test.mp4の状態が正常で、静止画にあるソファに座った３ショットの映像が入っているのがエラー、という状況でしたら、レンダリングファイルに問題が生じている可能性があるので、その区間にイン点とアウト点を打って、シーケンスメニューから「インからアウトのレンダリングファイルを削除」を行っていただくといかがでしょうか。