プロジェクトファイルが消えて無くなることはしょっちゅう起きることではないと思いますが（少なくとも私は経験がありません）、備えあれば患いなしですね。
全くお心当たりがないとのことですので、残念ながら確実なことを申し上げることはできないのですが、私が実際に見聞きした例ではプロジェクトファイルを別名で保存した時にうっかり別の仕事用の外付けHDDに保存しており、しばらく経って別の仕事の方が終わってそのHDDを取り外したときにPremiere Proの起動時の画面に古いプロジェクトだけが表示されて、初めてそのことに気付いたということはありました。
Finder上から直接プロジェクトファイルをダブルクリックして開く使い方をしていると起きにくいトラブルですが、Premiere Proのスタート画面からプロジェクトを開く使い方をしていると、実際のプロジェクト保存場所を意識しにくいのでこういったことが起こるようです。
可能性は低いと思いますが、特定の条件でプロジェクトファイルが消えるというバグがあることも、完全には否定できないと思いますので、しばらくは注意深く挙動を見た方が良いと思います。
メディアキャッシュから編集データを復元することはできないと思いますが、Macをお使いのようですのでTimemachineのデータを確認してみたり、正常に編集できていた時にUSBメモリやHDD、NASなどをマウントしてましたら、それらの中を改めてファイル検索で探してみると良いと思います。
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