エフェクト暗転をクリップ同士の真ん中に持ってこれない

おそらく、端の方に移動してしまうクリップの方が、予備フレームがない状態（冒頭から使っている、もしくはラストまで使っている）状況かと思います。

>ネストしたクリップが2つあるとします、そのクリップの間に、

とのことですので、もしかすると素材自体はあるもののネストによって切り取られている状況かもしれないですね。

あらかじめエフェクトをかける分長めにネストを作っておくか、少し短くなっても差し支えないようでしたらギリギリまで使っている方のクリップをエフェクトをかける時間の半分だけ伸ばす方法もあります。

今回に限って申しますと、「暗転」のトランジションなので原理的には予備フレームはなくても効果に影響はないものなので、手動で中点にしてやる方法でも大丈夫ではないかなと思います。

あとは、（リニアカラー合成の設定次第で見え方が少し変わるかもしれないですが）それぞれのクリップの端にクロスディゾルブを入れたり、上のレイヤーに黒のクリップをのせてディゾルブを入れるなど、ほかの方法で代用するのも一つの手ではあると思います。