エンコードが96％でストップしてしまいます

現在の書き出し先の残り容量は十分でしょうか？

デスクトップへの書き出しも試してみてください。

それでも同じ症状で止まる場合、シーケンス、もしくは素材に原因があるかもしれません。

96％までは進んでいるようですので、後半部分だけイン・アウトを打って

書き出して同様のエラーが出た場合、いずれかの素材が壊れているか

シーケンス内のエフェクトなどの干渉でエラーを起こしている可能性があります。