エンコードが遅くなる事象について

>同じ温度なのに何故に？という疑問はありますが、

放熱版をつけたことで、かえって放熱に問題が生じた（わずかな隙間ができて逆に保温されてしまったなどなど）と仮定しますと、SSDの温度の上限（70度程度といわれています）を超えないようサーマルスロットリングが強く働いて、速度が低下したということは考えられるかと思います。

放熱版を装着していない状態では問題なく放熱が行われていて、サーマルスロットリングが働くことなく（もしくは弱く働く程度で）67度程度を維持できていたのではないかという推測です。

※サーマルスロットリングの動作は、製品によって異なります。

ちなみに、非圧縮ではないコーデックのエンコードの場合、ストレージよりもCPU（ソフトウェアエンコードの場合。エンコードに伴うレンダリングも含みます。）やハードウェアエンコーダーの方がボトルネックになることが多いようにも思います。

エンコード中に、タスクマネージャーで各リソースの負荷の様子をご覧いただくと、どの部分がボトルネックになっているかなんとなくつかめるのではないかなと思います。

お書きいただいた内容を拝読する限りは「SSDの速度が著しく低下した」と考えるのが自然だと思いますが、正確な原因をつかむためには温度の計測方法であったり他のコンポーネントの動作が正常か否かといったことも含めて、精査する必要はあると思います。

ちなみに私も職場・自宅共にBTOマシンですが（一応、元SEでもありまして一から組み立てもできるのですが、コストや時間的にBTOを選んでいます）、必要に迫られてのパーツの増設以外では、あまり手を加えない方が安心かもしれません。

（マザーボードのチップセットの放熱などのことで、BTOショップさんとは過去に色々やりとりをしたこともあり、サポートの面でもBTO機に余計な手は加えない方が無難と感じています。とはいえ、CPUの放熱が心もとないBTOマシンも見たことがあるので一概には言いにくいのですが……。）