オフラインのためクリップをコピーできませんでしたというエラーが出て、プロジェクトマネージャーの作成すらできません。

お書きいただいた通り「リンク切れを起こしているファイルは一切無い」という状況ですと、プロジェクトファイルの破損やプロジェクトマネージャーの不具合など、何かしらの問題が生じている可能性が出てくるかと思います。

一応念のため、プロジェクトパネルで検索窓に「オフライン」と入れていただき、見つかりにくい場所（ビンの中など）にオフラインになっているクリップがないかご確認いただくといかがでしょうか。

プロジェクトマネージャーのエラーを無視する方法は心当たりがございませんが、プロジェクト破損時の一般的な対応策である「まっさらな新規プロジェクト」を作成し、ファイルメニューの「読み込み...」から問題のプロジェクトを開き、「選択したシーケンスを読み込み」で必要なシーケンスのみ読み込んで、そこからプロジェクトマネージャーを実行してみるといったことも、試す価値があるかと思います。

そのほか、可能性が低いものを含めますとフォルダの階層の途中やファイル名に特殊文字が紛れているですとか、WindowsとMacを行ったり来たりしているといったことも影響する可能性があるように思います。

（明確な根拠はございませんものの、過去のトラブル事例からあり得そうだと考えている次第です。）