オーディオがトラックごとにスピーカーが偏る

原因は、おそらく「シーケンス設定」の「オーディオ」にて、チャンネル形式がマルチチャンネルでチャンネル数4になっていることではないかと思います。

この場合、最初にシーケンスを作成した際に適切ではないプリセットをお使いになられている可能性がございます。

>シーケンスを作りタイムラインに音声ファイルを入れると、問題が発生します。

こちらの操作の「シーケンスを作り」の部分は、どのような操作で作成なさっていますでしょうか。

おそらく、少なくともオーディオチャンネルの面で、今回のケースではシーケンスを作り直す方が後々作業がやりやすくなると思います。

シーケンス設定は、最終的な作品の仕様に関わる重要な部分でありますので、お仕事の場合は仕様で指定されている可能性があるかと思いますが、そうではない場合には、最終的な作品の使用目的や素材の仕様（フレームレート・フレームサイズ）に合わせて適切な設定が変わってきます。

そのため、一言で「正しい設定」をお伝えすることはできないのですが、詳細な状況をお教えいただけましたら、より的確な返信ができる可能性がございます。