オーディオが左右分かれて聞こえてきます。

お書きいただいたような現象（設定）はいく使原因が考えられるので、もう少し詳しく情報をお書き添えいただけますと解決につながる情報が得られやすくなると思います。

まず、

>この間まで両方で出ていたのに、急に左右で分かれるように

この問題が起きたときの状況ですが、これまで問題が無かったプロジェクトファイルを継続して編集している状況（つまり、問題が無かったプロジェクトのシーケンスが、突然このようになったのか）なのか、今回新しく作成したプロジェクト・シーケンスなのか、どちらでしょうか。

後者の場合には、シーケンスをどのように作成なさったのかということも大きなポイントになってきます。

（たとえは、プリセットでテレビ放送用のものを誤って使ってしまったなど……。）

差し支えございませんでしたら、こちらの画像のように「オーディオトラックミキサー」と「シーケンス」と「オーディオレベルメーター」の様子が分かるスクリーンショット（個人情報など写らないようご注意ください）と、シーケンス設定のスクリーンショットを添えていただけますと、より状況が伝わりやすくなると思います。

そして、

>プロジェクトの方で聞くと両耳で聞こえます。

これは「ソース」パネルではなく「プロジェクト」（シーケンス）の再生ということでしょうか？　そうしますと、少しつじつまが合わなくなるので、どのようにご確認いただいているか（プロジェクトパネルの小さなアイコンでの再生、などなど）詳しくお教えいただければと思います。

【追記】※改めて確認しますとプロジェクトパネルでの再生ということと思いますので、こちら取り消しいたします。失礼いたしました。