クリップが重なってしまいました

150kwさんもおっしゃられているように記載の内容だと状況が把握しずらいためスクリーンショットを貼っていただくのがベストかと思います。

おそらく「ネスト」と呼ばれるシーケンスの入れ子になっているか、上下に2つクリップが重なり、上の方のクリップの描画モードが変更されて合体したような見た目になっているかのどちらかだとは思うのですが、、、

こんにちは、52526399 さん

まず、OSとそのバージョン、Premiere Proのバージョンを教えてください。

＞一部２つの素材がひとつのクリップになっていて、画が重なってしまいました。

「２つの素材」とは2個のクリップでしょうか。2個のクリップが1個のクリップになり、「プログラムモニター」には両方の映像が重なって（半透明？）で表示されているということでしょうか。

ここの内容が良く分かりませんので、「タイムライン」パネルと「プログラムモニター」と「エフェクトコントロール」パネルを含んだスクリーンショットの提示をお願い出来ませんか。下図のようなものです。下図は2個のクリップをネストして、1個のクリップ（緑色のクリップ）にした例を示しています。