クリップのシャッフルがしたいです。

もし、ビデオトラックに並べてあるクリップだと現状、自動で変更する方法はないと思います。

並べる前であれば、素材をランダムに選択してタイムラインにドラッグすれば選択した順番に並べられます。

動作確認はしていないのですが、関連するプラグインとして、下記リンクのプラグインはランダムに並べてから音楽に合わせて自動でカット編集できるような機能がありそうです。
興味があれば、実際の動作を試用版で確認して下さい。
Automated Video Editing for Premiere Pro - aescripts + aeplugins - aescripts.com 

参考ですが、After Effectsはスクリプトを作成すればレイヤーの配置を自動で変えることが可能です。