サイトで取得したテンプレートなどについて

お早うございます、shoooさん

推定ですが、

＞プロジェクトを起動した際に使えないことはないのでしょうか？

・プリセット

プリセットは、保存してあるファイルを参照すると思いますので、そのファイルをHDDから削除すると使用出来なくなると思います。たぶん「プリセットのファイルが見つからない」等のメッセージが出るのではと思います。

・モーショングラフィックステンプレート

mogrtファイルからモーショングラフィックステンプレートをインストール後なら、mogrtファイルをHDDから削除しても大丈夫だと思います。但し、削除した場合は再インストール出来なくなりますので、購入した場合等は注意が必要になると思います。

＞プリセットやMogrt.などを外付けHDDに入れたときはどうなるのでしょうか？

内蔵または外付けHDD、いずれの場合も同じだと思います。