サンプルレート 16khz のファイル読み込み

クライアントからの指定（サイネージなど特別なハードウェアでの再生向けなど）で「サンプリング周波数16000HzのMP3での納品が必須」ということですと、Adobe Auditionなどの音声編集・変換ソフトを併用する必要が出てくると思うのですが、特に指定が無い場合にはシーケンス設定で指定できる数値（32000や48000など）で音質的な問題は特に生じないと思います。

MP3の音声をPremiere Pro上で編集してMP3で書き出す場合、16000Hzから32000Hzや48000Hzへのアップサンプリングによる変化（オーディオ愛好家の方々は気にすることもあるかと思いますが、実用上は無視してよいレベルです）よりもMP3による再圧縮の劣化の方が大きいと思います。

書き出した音声ファイルの用途次第ですが、例えば今後の映像制作で使いまわす効果音でしたら、非可逆圧縮のMP3ではなく、非圧縮のWAVの方が適していると思います。