シークエンスに映像を挿入するとA1に2ch分の音が入ってしまう

おそらく素材が"ステレオ"扱いで収録されたものかと思いますので、動作としては正常です。

モノラル×2で扱いたい場合には、プロジェクトパネルで設定を変更したい素材全てをえらび、右クリック-変更-オーディオチャンネルにて、モノラルでクリップ数2に設定してからタイムラインに載せる流れになります。

ステレオ素材を全てモノラル×2として扱う場合には、環境設定のタイムラインにて、デフォルトのオーディオトラックを変更しておくと、次回以降素材を読み込んだときに反映されます。