シーケンス内のいくつかの動画がカクツキます。

ハードウェアによるデコード・エンコードに関する不具合ではなさそうですね。

PCのスペックに関しては、下記リンク先と照らし合わせてご確認いただければと思います。

Premiere Pro 必要システム構成 

Premiere Proのソースモニター・プログラムモニター（シーケンス）での再生には問題が無く、書き出したファイルでのみ問題が発生するようでしたら、問題の切り分けのために書き出しのコーデックを変更してみる（mp4ではなくmovなど）、書き出しの際に「キュー」を送ってMediaEncoderで書き出しされてましたらPremiere Proから「書き出し」をするなどお試しいただくといかがでしょうか。

個人的には、デコードエラーの可能性が高いように思います（その場合は、書き出し以前のソースモニターやプログラムモニターでも乱れが生じるのですが……）。もしそうであれば、HandBrakeなどのファイル変換ソフトで問題が出ない形式に変換してから読み込むという手もあります。

ちなみに、Premiere Proの画面右下に、小さな赤い三角の警告は出てませんでしょうか？

ウィンドウメニューから「イベント」を選択しても、過去のエラー履歴が見られると思います。