タイムラインに素材を読み込んだ際に色が変わる。

私はM1 Macを持っておらず、今日は普段の編集環境に居りませんので各種素材が手元になくWindowsでの挙動も確認できないのですが、

>S-Log3/S-Gamut3.Cineで撮影されたデータをカラーグレーディングする場合、カラースペースを上書きするのではなく、読み込んで変な色になった状態からグレーディングした方がいいということでしょうか？

この「変な色」の状態が技術的には正しい変換式でS-Log3/S-Gamut3.CineからRec.709/Gamma2.4向けに変換された結果だと思います。

撮影時の露出やホワイトバランスのとり方によりますが、白飛びしがちかもしれないものの、色再現性はノーマルなビデオチックではないかと思います。

>ちなみにS-Log3用のLUTをダウンロードしてあててみたのですが、カラースペースを上書きする前のデータでは更に濃く変な色になって、Rec709に上書きした後のデータではちょうどいい感じの色になりました。

カラースペースを上書きする前は、Rec.709のタイムラインに乗せるとS-Log3/S-Gamut3.CineからPremiere ProがRec.709へ変換されていると思います。

ダウンロードされたLUTはS-Log3/S-Gamut3.Cine入力でRec.709で出力するものだと思いますので、カラースペースを上書きする前の状態ではRec.709への変換に相当する処理が二重にかかってしまうので、めちゃくちゃに濃い色味ときついトーンになってします。

カラースペースをRec.709に上書きするという操作は、素材に記録されている「この素材はS-Log3/S-Gamut3.Cineで収録されました」という情報を無視して「Rec.709で記録したものです」というように素材の説明を上書きするというイメージです。

ですので、LUTでRec.709に変換する場合は、Premiere Proで余計な変換がされないよう、カラースペースをRec.709に上書きする必要があります。なお、Premiere ProはLUTのレンジ設定を変更できないので、LUTによっては本来とは微妙に異なる結果になる場合もあります。

グレーディングの開始点としてどこをとるかは、人それぞれ好みでしたり作品の内容によると思うのですが、その「変な色の状態」からSDR最適化エフェクトなども併用しつつ仕上げるのも一つの方法だと思いますし、すでにお試し済みのようにRec.709に上書きしたうえでSONYが提供しているLUTで一定のノーマルトーンにしたところをスタートとするのも一つの方法だと思います。

ちなみに私は、S-Log素材はDavinchi Resolveで扱うようにしていますが、制作会社さんの要望でPremiere Proのプロジェクトで再編集できるかたちで納品の必要がある場合には、Resolveで調整したベースとなる色調・トーンで書き出したLUTや制作会社さん指定のLUTを当てたうえで、Lumetriカでラーエフェクトで整えたりしています。

>Premiereの作業用カラースペースではS-Gamut3.Cineの色域で作業できないですよね？

RawやLogで撮影したデータを扱うことが多いのですが、いつもはこんな事がなかったので疑問だらけです…

誤解を恐れず書いてしまうと、Premiere ProのタイムラインをRec.709にし、S-Log3/S-Gamut3.Cine収録素材のカラースペースをRec.709で上書きして編集している状態は、S-Log3/S-Gamut3.Cineの色域で作業していることになります。

ソフトやOSのカラーマネージメントを無視してユーザーが作業スペースを管理する必要があるうえ、適切なモニタリング環境を別途用意する必要があります。

S-Logを作業用カラースペースとして扱う例として、HDR番組制作の中間マスターとして「S-Log3/S-Gamut3」が使われるケースがあります。下記SONYのサイトでとても分かりやすく説明されています。

https://www.sony.jp/products/Professional/c_c/hdr/index02.html#cnt01 

Rec.709で最終仕上げを行う場合で、今後劇場公開やHDRでの公開の予定がない場合には、作業カラースペースとしてRec.709以外を選ぶメリットは無いと思いますので、Premiere Proのシーケンス作業用カラースペースの設定として（中間マスターとなる）S-Logを選ぶことができないことは、多くの場合問題にならないのではないかと思います。

（劇場公開やHDR制作を視野に入れると、そもそもRec.709用のLUTは役に立たないですしある程度の専門知識が必要になると思います。）

ちなみに、Log収録とRAW収録はなんとなく同じ仲間のように扱われがちですが全く別物です。RAWはフォーマットによって違いはあるものの、基本的には撮像素子から出てきた状態のデータというイメージで、でまだ「視認できる映像になっていない」状態です。RAWには色域やガンマという概念はありませんので、必要な色域・ガンマ特性に「現像」することでようやく「視認できる映像」として扱えるスタートラインに立つことになります。