タイムルーラーの表示フレーム数が途中からずれます。

これは「ドロップフレーム」と呼ばれるタイムコードのカウント方式に由来するものなので、異常や不具合ではございません。

作品の最終的な用途次第ではありますが、タイムコードの制約が無いものでしたら「シーケンス設定」の「ビデオ」の「表示形式」にて、「ノンドロップフレーム」という表記がある方をお選びいただきますと、数字が飛ばずにカウントされます。

ちなみにこの「ドロップ」や「ノンドロップ」は、あくまでも時間のカウントの仕方の違いなので、「映像がコマ落ちする」といったように映像自体に影響することはありません。

29.97fpsや59.94fpsの映像は、それぞれ30や60ピッタリではないことからわかります通り、30fpsや60fpsのタイムコードでカウントすると、実時間に対して遅れが生じます。

この遅れを無視したものが「ノンドロップフレーム」です。

テレビ放送では、厳密に実時間で管理する必要があります。そのため、タイムコードのカウントの際には「時間の進みが遅れがちの時計を合わせなおす」ようなイメージで、こまめに遅れを修正するために毎分2フレームカウントを進める（10分毎にこの処理は行わない）という処理を行っており、それが「ドロップフレーム」と呼ばれるものです。

例えばノンドロップフレームでカウントして1時間00分00秒で作成してしまうと、実際の再生時間は1時間00分04秒くらいになってしまい、1時間兆度の放送では番組のラスト4秒弱が欠けてしまうという事故になります。