詳しくありがとうございます!
>シーケンスの状況(どのくらいの頻度でカットしているかなどなど)や、ネストした後にカット編集した理由が分かりませんので最適な方法となるか否かは判断がつかないのですが、
>(ネスト後カットを終えている状態のため)
とのことですので、そのカットしている各ブロックのうち、グラつきがある部分だけワープスタビライザーをかけるという方法ではうまくゆかないでしょうか。
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マルチカメラを使用するため2つの素材をネストしました。(固定カメラ2台インタビュー動画)
2つの素材をネスト→マルチカメラを有効→カット編集→今ここにおります
上記の方法でネスト内の一箇所にだけエフェクトを適応したところ、添付のエラーが出てしまい再生がままならない状態になってしまいました。(滑らかなモーション、滑らかさ10%、位置スケール回転、スタビライズエッジを合成)

そのため(モーションなし、位置スケール回転、スタビライズ切り抜き自動スケール)に変更したところグラつきが軽減され再生も蒲生になりました。
>拡大率は「自動スケール」のところに表示される値を用いて、「位置」と「回転」でできる限り位置合わせをして(サブスペースワープですとうまく合わない可能性がありますが、「位置、スケール、回転」でしたら概ね合うと思います)、キーフレームで緩やかにスケール100で元の位置に戻すというやり方を使うのですが、これはカメラに動きのある映像じゃないと違和感が出てしまうので、万能な方法ではないかもしれないです。
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固定カメラのため、おっしゃる通り違和感が出てしまうのかと思います。

添付の多色の箇所がエフェクトを適応した箇所でこれが何箇所かあります。それぞれのスケールサイズが異なるため間にある元の素材のスケールをどのように調整して良いのかが分からない状態です。
>三脚で固定して撮影したものの、何かがぶつかるなどして一瞬ブレたというような類の動画でしょうか。
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ブレの見え方としては水平を正すためにジンバルのようにヌルッと水平に揺れている感じです。ピンと合わせのように少しだけズームになったりする箇所もありました。(うまく伝えられずすみません。。)
この場合はスケールを合わせるのは難しいのでしょうか。
長くなってしまいすみません。何か解決方法があればご教授いただけますと幸いです。
ご返信、ありがとうございました。
>この場合はスケールを合わせるのは難しいのでしょうか。
今回ご返信いただいた内容に絞ってみますと、ワープスタビライザーを使用していないクリップを110%に拡大し、その状態を基準にする方法が使えるかもしれません。
(110%というのはあくまでも例で、自動スケールされたうえで更に位置を調整できるゆとりがある拡大率という意味です。)
自動スケールで106.4%になっている部分を103.38%(入力すると103.4となります)、自動スケールで102.9%になっているクリップを106.89% (入力すると106.9となります)としますと、トータルの拡大率は110%にそろうと思いますので、ワープスタビライザーをかけたクリップの方で位置・回転を調整します。ただ、ワープスタビライザーによる位置のずれが大きい場合には調整しきれないので、ワープスタビライザーをかけていない方のクリップの隣接する部分にキーフレームを打打ってそちらで微調整し、次のワープスタビライザー使用箇所の手前にもキーフレームを打って元の座標に戻すとよいと思います(次のワープスタビライザーのずれ具合次第では、元の座標ではなくそのずれに合わせます)。
あまり良い文章が書けずわかりにくいと思いますが、理屈の上ではうまくゆくのではないかと思います。
ちなみに……、ジンバルを使いつつ結構動きがある映像でしたら、110%に統一という手段を取らず、単純にキーフレームで106.4%から102.9%に変化させるだけでも違和感は出ないかもしれないです。