ネスト化した部分のレンダリングが外れる

Windows 10, Premiere Pro 14.3.2で簡単な編集を施したシーケンスにて試したところ、おっしゃる通りネストした部分のレンダリングが外れました。

プレビューファイル形式が「IフレームのみのMPEG」になっていたので、普段使用しているQuick TimeのProRes 422 HQに変更しまして試したところ、レンダリングファイルが外れなくなりました。

念のため、再びIフレームのみのMPEGに変更してやり直したところ、予想に反してこれまたレンダリングファイルが外れず正常動作しました。

いまあまり時間が取れず簡単な検証しかしていないので全くの見当違いの方法になってしまうかもしれないのですが、シーケンス設定のプレビューファイル形式を変えてお試しいただくといかがでしょうか。