ファイルの読み込み機能により、シーケンスのファイル構造の矛盾が検出されました。このファイルのメタデーターの読み書きが無効になりました。』と表示されてしまう件

早速の情報のご提供、ありがとうございました。

書き出し先には問題が無さそうですね。すでに、「Ver23.1の問題」ではなさそうだというところまでご検証いただいていますので、ひとつは「ソフトウェアエンコードにしてみる」ことと、もうひとつは差し支えございませんでしたら公開されたばかりの「Ver23.2」で試してみる、といったことは試してみる価値があるように思います。

また、可能でしたらQuickTimeのProResで書き出しできるか否かといったことをお試しいただくことで、原因究明に役立つのではないかなと思います。

いま画像を準備しますので、でき次第こちらの投稿を更新いたします。

画像のご用意ができましたので、以下に追記いたします。（2023/02/17 20:04更新）

■ソフトウェアエンコードにする方法の一例

書き出しの画面で「・・・その他」を押します。

ソフトウェアエンコーディングを選択します。

●そのほかの方法として、「環境設定」の「メディア」のページで、「ハードウェアによる高速エンコーディング」のチェックを外して再起動してからお試しいただくやり方もあります。

■QuickTime形式で試す方法（H.264やH.265のMP4書き出し固有の問題か否かの検証です）

書き出し設定の画面で、こちらのように設定します。

●もしかすると、この画像の通りの設定は無いかもしれないのですが、とりあえず検証目的ですので、ProResという名前がついているプリセットでしたら、なんでもOKです。

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これらの設定変更でうまくゆかない場合は、次の手として「プロジェクト設定」の「レンダラー」を「ソフトウェア処理」にしてみる、上記の環境設定画面にある「ハードウェアによる高速デコーディング」（赤丸をつけたところの上段）もOFFにしてみる、そしてメディアキャッシュの「すべてを削除」（Premiere Pro でメディアキャッシュを管理する方法 ）を試してみる、「おかしいなと思ったら」（おかしいなと思ったら（Windows 版 Premiere Pro） ）を試してみる、といった方法が考えられると思います。