マスタークリップ(ソースクリップエフェクト)でマスク処理を行いたい

ソースクリップエフェクトでは、下記リンク先（「次のエフェクトを除き、Premiere Pro で使用できるほとんどのビデオエフェクトを適用できます。」という部分）にもあります通り、「固有のエフェクト：モーション、不透明度、速度」が使用できませんので、お書きいただいている通りのことを行うのは少々難しい（できない？）のではないかと思います。

（※グラデーションワイプの応用などで、やってできないこともないかもしれません……）

Premiere Pro でのソースクリップエフェクトの適用 

なにか代案でしのぐ手はあると思うのですが、「ソースクリップエフェクト」で行わなくてはならない理由次第になるのではないかなとおもいます。

例えば、何度も使いまわすのでソースクリップエフェクトに入れておきたい、という場合ですと、一度シーケンス内のクリップのエフェクト（普通のエフェクト）にて丸いマスクで切り抜いたものを作成し、背景のトラックがない状態で「ProRes 4444」など「アルファ付き（透明部分がある状態）」で書き出していただいて、それを使いまわしていただくのも、一つの方法かと思います。