リンクしたAfterEffectsがうまく収集されない

仕事で動画編集をしています。

基本、Premiere Proで編集し、所々にAfterEffectsで作成したプロジェクトをリンクさせています。

動画を作成し終えて収集をすると、リンクしたAfterEffectsのプロジェクト自体は収集フォルダーに収集されているのですが、AfterEffectsに配置させたJPEGデータなどが収集されておらず、収集したPremiere Proのプロジェクトを開くとエラーになってしまいます。

基本的に誰かとプロジェクトデータを共有することはほぼないので、自身のマシン上で管理（データは外付けHHDに保管）していて、現状リンク切れなども起こさないし問題ないと思っていたのですが、職場から作業データを共有バックアップサーバーにアップするよう言われ、上手く収集できずに困っています。