レンダリングについて

>素材を取り出しで再リンクをしても結局はまた「MTSBDMV」ファイルができあがってしまいます。

こちらの部分ですが、素材を取り出して再リンク後、またプロジェクトマネージャーを使用なさってませんでしょうか。

単純にリンクを掛けて保存するだけですと、新たにフォルダはできないのではないかと思います。Premiere Pro v23.xの頃に同様の操作をした際には、大丈夫でした。

しかしながら、この方法は決して推奨できる方法ではなく（きちんと条件が揃っていないとトラブルにつながる可能性があります）、このプロジェクトを再度プロジェクトマネージャーで収集するとまたフォルダができます。

「どうしてもこういったフォルダができるのがダメ！」といった場合には、プロジェクトマネージャーでトランスコードさせるのもあまり望まれないかもしれないと思いますので、あらかじめMTSファイルを別の形式（MP4やMOVなど）にトランスコードしてから編集用素材としてお使いいただくのも一つの方法かと思います。

トランスコードには多かれ少なかれ画質の劣化が伴いますので（非圧縮は現実的では無いので……）あらかじめ納品先とご相談いただいて適切なクオリティが得られる形式・コーデックを選ぶ必要があると思います。

※上記画像で使用されているMTSファイルは、スパンドクリップだったタイムコード無しのAVCHD素材をカメラメーカー（SONY）のツールで結合したうえで、他社製のツールで音声のみAC3からLPCMに変換して映像は再エンコード無し（無劣化）でMTSに書き出したものを使用しております。Premiere Proで直接AVCHD素材を読み込む場合には、AVCHD収録素材のファイル名を変更すると正しく扱えないケースがありますので、ご注意くださいませ。