フラッシュをできるだけ無かったことにしたい、といった場合で、フラッシュの光が1フレームのみの場合、発光している1フレームをカット(尺は詰めない)し、その隙間に発光のひとつ前のフレームを繰り返しで入れて、その真上のトラックに発光の次の1フレームを50%で重ねる(シーケンス設定でリニアカラー合成OFFの場合)といった方法で、ある程度ごまかせるかと思います。
言葉で書くとややこしいですが、要は光っている瞬間の1フレームの代わりに、その前後のフレームをブレンドしたフレームで埋めるという一種の補間方法です。
少し手間がかかってもよろしければ、発光しているフレームをカットし詰めて前後数秒込みで書き出し、それをタイムラインに乗せて50%スローをかけ、補間を「オプチカルフロー」にすることで該当箇所を補間したフレームを得る、といった方法でもう少し精度の高い補間結果が得られるかもしれません。
ちなみに、私は「Flash Remover Pro」の使用経験はございませんが、調べてみるとNewBlue TotalFX 360というサブスクリプション製品のなかに入っているようです。デモ版もあるようなので、どの程度効果があるのか実際の素材で試していただくこともできるかと思います。