名称変更した同じ素材をフッテージ置き換えしたのにカットの時間がずれる

素材名を半角のみで統一するために、素材名をPC上で「Scene○○_1」というように名前の変更を行いました。そして、フッテージの置き換えをさせたところ、名前が違うだけの同じ素材であるにもかかわらず、編集シーケンス内のカットの時間ずれが生じます。

名前を変更しただけの全く同じ素材なのに、素材の始まりに少し空白ができているようで、全体的なずれができてしまいました。

どなたか同じ症状になった方、解決された方、アドバイスをよろしくお願いいたします。

使用PC : Windows10(Macでも同様でした)

使用ソフト : Premiere Pro2017(2018でも同様でした)

名称変更はデスクトップ上で通常通り行いました。素材の書き出し等は行っていません。

素材保存場所 : 外付けHDD上(PC本体でも直りませんでした)

よろしくお願いいたします。