【大至急】自動保存ファイルが5時間以上前のものしか存在していない

大至急とのことですので、まずはmacOSのファイル検索の機能で、プロジェクトファイルの名前で検索していただき、どこかに最新に近い状態（ファイルの更新日で確認します）のプロジェクトファイルが無いかご確認いただくといかがでしょうか。

今回気がかりなのは、

>その後、作業を再開してから一切保存するのを忘れていたのですが、自ら保存した時しか自動保存ファイルが存在していないような気がします。

という部分でして、Premiere Proを立ち上げて一度も通常の保存をしていないと自動保存はされないというご投稿が、過去にございました。

例） データが消えた - Adobe Product Community - 15155354  
※スレッドの中で「通常保存は全くしてません。」と書かれていますので、今回と類似するケースだと思われます。

私自身はこまめに手動で保存しながら使っているためこのような経験は無く、このあたりの挙動についてあまり詳しくないのですが、通常の保存操作をなさっていないとなると、とても心苦しいのですが失われた５時間分の作業をやり直すことも視野に入ってきてしまうのではないかなと思います。

>また、After Effectsのコンポジションに置き換えができない理由も教えていただけますようお願いします。

こちらについては、偶発的なエラーの可能性もあると思います。お書きいただいた状況からは「何か問題が生じてフリーズした」ということまではわかりますものの、それ以上のことは分かりませんので、その「理由」は不明としか言いようがないようにも思います。

同様の操作を再試行して再現するか否かや、あらゆる素材・プロジェクトファイルで問題が起きるのか、特定の素材・プロジェクトでしか問題は起きないのかなど、原因の切り分けが必要になってくるかと思います。

ちなみに、こちらのリンク先で書かれているような赤い「プロジェクトが開いているときに、Premiere Pro が予期せず終了しました」というポップアップは表示されませんでしょうか。

Premiere Pro でのプロジェクトの復元方法 

このポップアップは一度閉じると表示されないので、閉じてしまっている場合には、上記リンク先後半の「プロジェクトの手動での復元」ができないか、試す価値があると思います。