実際の音声と音声波形が違うので困っています

もしかすると波形表示用のファイル（Peak Files）がうまく機能していないかもしれないので、もしキャッシュの保存場所がわかれば、該当するクリップと同じ名前がついている.pekファイルを削除していただくといかがでしょうか。

下記リンク先はハードディスクの空きが減ることへの対処法なのですが、同様の方法でPeak Filesの削除ができるかと思います。

（差し支えございませんでしたら、Peak Filesに限らずキャッシュファイルを削除していただくのも一つの方法かと思います。

ハードディスクの空き領域が徐々に減っていく（Premiere Pro CC, Premiere Rush） ）

こんばんは、大律5E27さん

推定ですが、その映像クリップはVFR（可変フレームレート）ということはありませんか。

確認方法は、そのクリップを右クリックし、開いたコンテキストメニューから「プロパティ」を選択して開いた「プロパティ」ウィンドウで、「可変フレームレートが検出されました」（下図赤枠部）と記載があります。