映像を書き出す際、「フレームブレンド」を選択すると音声の波形が変わるが何か影響があるのか教えてください

おっしゃる通り、フレームブレンドは映像にのみ関わるものかと思います。

シーケンス上でフレームレートが混在する際に、フレームサンプリングではカクカク感が目立ちすぎてオプチカルフローでは破綻してしまうといった場合にフレームブレンドを用いることがありますが、音声でトラブったことはいまのところ無いです（気づいていないだけ、という可能性もありますが……）。

ご質問の状況は書き出し時の設定ということでしたので、試しに59.94i素材を24.00pに書き出す状況にて、「書き出し設定」画面でフレームサンプリング、フレームブレンド、オプティカルフローの3つのタイプでmp4(H.264+AAC)で書き出し、Audition CCのマルチトラックに並べて正相・逆相でそれぞれ加算して比較してみましたが、完全に打ち消し合いましたので音声に変化は出ていないようです。

「波形」をどのように比較なさったのかと、シーケンスのフレームレートと書き出し設定のフレームレートなどがわかりましたら、何か原因がつかめるかもしれません。