書き出したデータの最下部に黒線が入ってしまう

黒い線の太さや、確認なさっている再生環境などにより一概には言いにくいので、差し支えございませんでしたら症状が出ている様子のスクリーンショットを貼っていただくと、原因究明につながりやすくなると思います。

もしPremiere Pro以外の再生ソフトでご確認いただいている場合は、書き出したファイルをpremiere Proに読み込んで再生確認していただくと、比較しやすいと思います。

1920×1080では出るのに、おなじ比率の1280×720では出ないという点も不思議ではあるのですが、ごく細い黒線なので小さなサイズでは潰れて見えないという可能性もあるかもしれません。

素材の仕様とシーケンス上で加えているエフェクトや、それぞれの書き出し条件（ピクセルアスペクト比の設定ミスなど……）も影響している可能性はあると思うのですが、まずは、プログラムパネルの表示サイズを「1600%」など高倍率にして、画面最下部に黒線が入っていないかご確認いただくといかがでしょうか。