書き出しに時間がかかる動画がある

細かいことで恐縮ですが、「書き出しに時間がかかる動画がある」とお書きいただいている「動画」とはどのような意味でお使いでしょうか。

と申しますのは、撮影した素材データなどMP4やMOVファイルなどのことを「動画」と表現するほか、「編集済みのシーケンス」のことを「動画」と表現されるケースもありますため、どの意味でお使いになられているかによって確認するポイントが変わってくるからです。

もし前者の意味で「撮影素材」のことを動画と表現なさっていて、「iPhoneで撮影した動画のうち、書き出しに時間がかかるものとかからないものがある」ということでしたら、その撮影したMOVファイルの仕様（iPhoneの設定。ファイルのプロパティでも確認できます。）を確認することが原因究明の手掛かりになると思います。

たとえは、「4K60fps」と「1080pHD30fps」では単純計算で8倍の量になりますので、処理の重さも変わってきます。

「動画」を「シーケンス」の意味でお使いの場合には（今回はこちらではないかなと思っています）、クリップに使用しているエフェクトなどによっても大きく処理速度が変わってくるので、先ほど書きましたiPhoneの撮影素材の仕様の確認のほか、それぞれの「動画」で使っている効果などの違いから原因を切り分けしてゆくことになるかと思います。

その検証次第ではありますが、書き出しに時間がかかってしまうことはある程度やむを得ないということにもなるかもしれません。

最初の方に書いたような、iPhoneでの撮影時に4K60pなど処理が重い形式で収録していたことが原因で、完成作品はもっと小さなフレームサイズ・低いフレームレートにするという場合には、編集前にあらかじめ適切なサイズにダウンコンバート（1080p 30fpsなど）しておくとことで改善できる可能性はあると思います。