自動保存されていたのに、シーケンスに一切記録が残っていなかった。

今回の自動保存の問題と関係あるか否かははっきりとわかりませんが、

>ちなみにCtrl+Sで保存を行うと書き込み権限が無いと言われますが、

という症状が出ている時点で正常な状況では無いと思いますので、その問題を放置して作業を進めることはかなり危険な賭けのように思います。

プロジェクトファイルの保存先はどのような場所でしょうか。また、ランサムウェアやウィルス対策ソフトの保護設定に、なにか関連性がありそうなことはありまあせんでしょうか。

管理者権限でログインしていても、書き込み権限が無い場所があること自体は不思議ではないので（ファイルの改変・改ざんを阻止するツールや、何かしらの事情でアクセス権が個別設定されているなど。）、まずはこの問題を解決する必要があると思います。

並行して、自動保存されたファイルのファイル名やタイムスタンプから本当に直近の自動保存ファイルなのか否かを確認していただくとともに、タイムスタンプにて新しい（編集内容が残っているはずの）プロジェクトであるようでしたら、開いていただいてプロジェクトウィンドウ内を確認していただき、最新のシーケンスが開かれていないだけではないかご確認いただくといかがでしょうか。

こういったケースは環境に依存する問題であることも多いので、下記リンク先をご参考にしていただきつつ、詳細な情報をお書き添えいただくと有益な返信が得られやすくなると思います。

【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎