読み取ると音声がパイプの中で反響している様になる。

症状から原因を探るのはなかなか難しいのですが、「反響しているような音」とのことですので、同じ音声が微妙にズレた状態で加算されてしまっているといった可能性があるように思います。

今回、MKVからMP4変換しているとのことですが

>変換後のmp4動画を再生するとそういったパイプの中の様な反響はありません。

この再生は「QuickTime Player」など、Premiere Pro以外のソフトを用いてますでしょうか。

その場合には、MP4ファイルに問題がある可能性は0ではないものの低いように思うのですが、可能でしたら原因の切り分けのため、動画ではない音声のみのデータ（音楽のwavやaiffファイルなど）をPremiere Proに読み込んで再生していただいた際に同様の問題が出ないかご確認いただくといかがでしょうか。

飛躍した推測にはなってしまうのですが、MKVという点から何かしらの録画ソフトをMacにインストールしていて、更にMac内の音を収録するために何かしらのミキサーソフトを入れていて、それが原因でどこかにループができている、といったこともあり得るかと思っております。。

そのほかにも、Mac内蔵以外のオーディオデバイスの使用により、遅延がかかっている音とそうではない音がモニターにミックスされているといったことなど、さまざまな原因が考えられる症状であると思います。