読み込み前と後でファイルの時間が異なる理由を教えてください。

お書きいただいている情報だけでは推測しにくいのですが、60分ほどで2,3秒の違いという点から、29.97fps素材においての、NDF（ノンドロップフレーム）とDF（ドロップフレーム）の違いによるものかもしれません。

NDFは30フレームを1秒とカウントするので、実際の再生時間より短い時間が表示されます。その差は0.1%で、具体的にはNDFで1時間00分00秒00フレームの長さをもつ素材の実際の再生時間は、1時間00分03秒18フレームになります（108フレーム長い）。

60分のうち00分、10分、20分、30分、40分、50分を除いた各分（54回）の頭で2フレームカウントを飛ばし、2フレーム×54回、計108フレームカウントを飛ばして実時間に合わせる方法がDFです。

なので、Premiereに読み込む前にお使いのプレーヤーがDFで時間計算をしていて、Premiere上ではその素材がNDFとして扱われた場合には、時間が短くなったよう表示されることになります。