音声をAAFで書き出した時音声が空になる

差し支えございませんでしたら、

>別ソフトで読み込んだ際肝心の素材が入っていません。

この読み込みに使用されている「別ソフト」の名称をお書き添えいただきますと、的確な情報が集まりやすくなると思います。

「モノラルクリップに分割」の「有効」のチェックボックスをOFFにしますと、AAFファイル書き出し時に音声ファイルは別途書き出しされず、元のファイルへのリンクがAAF内に書き込まれる流れになります。

そのため、AAFファイルとともに「元の素材ファイル」も移行先に渡す必要が出てきます。

公式の説明では、
>このオプションをオフにした場合は、新しいオーディオはレンダリングされず、AAF は元のチャネライゼーションを維持したまま、既存のオーディオファイルにリンクします。 

と書かれている部分の内容です。

今回、

>別ソフトで読み込んだ際肝心の素材が入っていません。

という状況になったのは、「元の素材ファイル」を別ソフトで参照できる場所にコピーしていないか、その別ソフトがこの書き出し方法に対応していないかの、どちらかではないかなと思います。

ちなみに一例ですが、音声の仕上げのため、ProToolsを使うMA担当者に渡すといったケースでは、Premiere Pro上でトラックの整理（モノラルとステレオが混在しないように注意して、音の種類ごとにトラックを分けて）をしたうえで、この「モノラルクリップに分割」を有効にして使用します。

（AAFに音声ファイルを埋め込むか否かは担当者と要相談ですが、埋め込んだ方が渡すときに楽ですね。）

ステレオ素材はモノラル×2になりますが、AAFでのクリップ名の末尾にそれぞれ「_L」「_R」とつきまして、ステレオ素材であることがわかるようになっています。