マイナンバーカードからの電子著名の方法について

完全に自己責任となりますが、OpenSCを利用することで署名をすることが可能です。この場合、マイナンバーカードのパスフレーズは[0-9A-Z]+であることに自身で注意していただく必要があります。自分は小文字で入力して連日区役所に行く羽目になりましたので。

参考リンク：https://contents.shinonomekazan.com/tips/pdf-sign-by-mynumber-card.html#%E3%81%84%E3%81%95%E3%82%99%E7%BD%B2%E5%90%8D

Windowsで署名をするだけでしたら、既出のJPKI署名ユーティリティ JPKI PDF SIGNER (aoiro.app) が軽量でオススメです。macosをご利用の場合は上記のOpenSCしか現時点では方法が無いと思います。

登記ネットが提供する「PDF署名プラグイン」を利用可能ですが、このプラグインは64bit版のAcrobatに対応していません。もしAcrobatが64bit版になっているのであれば32bit版をインストールし直す必要があります。
また、地方公共団体情報システム機構の公的個人認証サービスポータルで配布している「JPKI利用者ソフトウェア」を利用して行う方法もあるようですが、フリーウェアの利用が必要になります。