ルビ（ふりがな）の付け方

もともとPDF自体、印刷物の電子化を念頭に置いた、完成データになっています。

編集を想定したものではないので、PDFの編集として考えること自体に無理があるといえます。

単純に、脇に読み仮名としての文字を置いて再度PDFにする、ということであれば、製品版Acrobatでテキストを追加する、IllustratorやInDesignでリンク配置してテキストを脇に追加後に再度PDFとして保存する、ということはできます。

やりやすさだけでいえばIllustratorやInDesignでしょう。

ただ真面目にルビとしての処理を考えるなら、Adobe製品ではInDesign一択で、また自身でレイアウトを作るというところから考えることになります。

残念ながらPDFに対してルビを振ることができるアプリケーションと言うのはありません。

ついでに書くと、このコミュニティはユーザー相互の情報交換の為のものですから、Adobeの中の人はほとんど見てませんし、わたし自身も担当者ではありません。