文書を読み取り中に問題が発生しました(14)

一般論レベルの話でしか行えませんが、AcrobatはPDF構造を結構厳格に見ているはずなので、構造として何かしらの不足をしている可能性が高いです。

他の互換PDFビューワーその判定が甘いことがあるようで、結果として、構造に問題があっても閲覧できてしまうことはあります。

（逆にAdobeエンジンで生成するPDF/X-4や透明を含むPDFなどは互換ビューワーでは正常に表示できないことはあったりします）

なにかSDKを使っているのかすべて自分で作っているのかわかりませんが

SDKなどを使っているならその関係フォーラムやサポートに聞いた方がよいかと思います。

ブラウザだと問題ないということなので

ブラウザでは無視される機能の部分に問題があるかもしれないので

出力されるPDF のデータをすこしずつ増やしてみる形で

チェックしてみるのはどうでしょうか。

（注釈を出力しない場合はどうか、しおりを出力しない場合はどうかなど）

追記です。

以前投稿したものは長すぎたのかスパム判定を受けてしまい、上の投稿は内容を簡略化しています。

以下が書ききれなかった詳細です。

ツールに入力するPDFファイルを変えるとAcrobat Proで開ける場合もあります。
出力されたファイルをテキストエディタで開いて比べてみたのですが、違いとして見つけられたのはファイルの最初に現れるオブジェクトがDictionary（この場合はOK）であるかStream（この場合はダメ）であるかというものでした。
「dictオブジェクトを指定してください。」というメッセージに関連していそうな違いだと思います。
ただ、Linearized PDFの場合最初のオブジェクトはLinearization parameter dictionaryになるということは把握しているのですが、出力ファイルはLinearized PDFではないため最初のオブジェクトは何でも構わないのでは？とも思います。
（開ける場合のPDFファイルも、最初のDictionaryはLinearization parameter dictionaryではないです。）