最適化後にしおりが消える。しおりが消えないようにしたい。

複数のPDFファイルを一度に最適化してファイルサイズを小さくしたい。
その際に、最適化前のファイルについたしおり機能は維持したまま小さくしたい。
PDFを最適化>ファイルサイズを縮小＞複数のファイルを縮小　で50件のファイルを処理したところ、約10件のファイルでしおりの内容が欠如してしまった。
しおりが欠如しないようにするため、設定を変更して何度か再処理したが効果がない。
対応方法を教えてほしい。又は元のPDFのどこを見れば、しおりが欠落するPDFを特定できるか判断の基準を教えてほしい