結合後のpdfファイルにヘッダーを設定した際、一部が巨大化してしまう

もとは複数のpdfファイルであったものを結合して作成したpdfファイルがあります。この結合後のpdfに、ヘッダーを設定しようとしました。

しかし、一部のページでフォントが巨大化してしまいます。

元のファイルを仮に　ファイル1.pdf、ファイル2.pdf、ファイル３.pdf とすると、ファイル１やファイル２にあたる部分だけ、フォントが巨大化されてしまいます。

巨大化は、ファイル２の●ページだけ、ということではなく、ファイル２にあたる●～●ページすべてで巨大化します

「ヘッダーとフッターを追加」のプレビューでは、ヘッダーフッター領域を示す青点線すら巨大化しています。

また、「ヘッダーとフッターを追加」パネルの「表示方法オプション」で「異なるページサイズに印刷するとき、ヘッダーとフッター位置とサイズを一定にする」のチェックを入れても改善されません。

結合前のpdfの大きさが異なるのかと考え、pdfを再度pdf化してみたのですが、これでも変わりません。

この現象が大量に発生しており、対応に大変苦慮しています。良い対処方法はありますでしょうか。